Панама расположилась на узком Панамском перешейке, соединяющем Северную и Южную Америки. Наибольшая ширина перешейка не превышает 200 км, наименьшая - 50 км. С юга Панама омывается водами Тихого океана, а с севера - водами Карибского моря. На востоке страна граничит с Колумбией, на западе - с Коста-Рикой. В состав Панамы также входят более 1,5 тысяч островов. Общая площадь страны с островами составляет 75,5 тыс. кв. км.
С запада на восток по территории Панамы протянулись горные цепи. От Коста-Рики к центральным районам страны тянется хребет Кордильера-де-Верагуа. Здесь расположено несколько вулканических пиков, в том числе самая высокая точка страны - активный вулкан Бару (3475 м). Чуть восточнее до Панамского канала тянется хребет Серрания-де-Табасара. Далее близ Карибского побережья идёт горная система - Кордильера-де-Сан-Блас, которая у границы с Колумбией переходит в горную цепь Серрания-дель-Дарьен. В юго-восточной части страны у тихоокеанского побережья в Колумбию тянется хребет Серрания-дель-Баудо. Все эти хребты имеют средние высоты около 1000 м. Горные цепи Панамы сильно расчленены - высокие пики чередуются с горными равнинами. Прибрежные районы Панамы заняты низменностями. Тихоокеанское побережье сильно изрезано - здесь встречаются полуострова, среди которых самый большой полуостров страны - Асуэро, и многочисленные острова (всего около 1000 островов).
Западную и восточную горные системы Панамы разделяет 70-километровый Панамский канал, который соединяет Атлантический и Тихий океаны. Это самая главная водная артерия страны и один из важнейших транспортных путей мира. Вокруг Панамского канала проживает большая часть населения.